事象の再現手順です。
1. Visual Studio 2012にて、カスタムマスターページを作成。
2. プロジェクトにて、[配置]を行う。
3. 該当サイトにアクセス。
4. 該当サイトにて、カスタムマスターページのフィーチャーを非アクティブ化にする。
5. 再度アクティブ化する。
6. エラー!
こんな画面が表示されます。
「このテンプレートのモジュール セクションで指定したファイルは、既に存在しています 。」
モジュールセクションで指定したファイルとは、カスタムマスターページを指しています。
もう既に存在しているからダメよ。という意味だと解釈しました。
それでは、カスタムマスターページを上書きすればと探したところ、以下の設定で解消されたことが
確認できました。
Elements.xml
「IgnoreIfAlreadyExists="TRUE"」
これが肝です。
ご参考に。